Um die Mitte des 13. Jahrhunderts entstand der Vorgängerbau der Kirche aus behauenem Feldstein, noch sichtbar am Untergeschoss des Westbaus. 1250 wurde die Kirche zur Hauptpfarrkirche Prenzlaus.

Errichtet in zwei Bauabschnitten bis 1340 entstand der jetzige Backsteinbau, eines der bedeutendsten Bauwerke norddeutscher Backsteingotik des 13. und 14. Jahrhunderts. Bekannt wurde die Kirche u.a. dadurch, dass im 30-jährigen Krieg der Leichnam König Gustavs für 3 Tage auf dem Rückweg in seine schwedische Heimat aufgebahrt wurde. Im April 1945 brannte die Kirche aus.

Nachdem bereits 1949 der Ostgiebel mit Stützpfeilern gesichert wurde, begann man 1970 mit dem Wiederaufbau. Die wertvollen Altarfiguren, die 1512 von einem Lübecker Meister gefertigt wurden, überstanden den Krieg eingemauert in einer Turmnische und sind derzeit im Dominikanerkloster zu sehen.

1995 erhielt der Südturm eine neue Uhr, die vier Jahre später durch eine Uhrenglocke komplettiert wurde. Nachdem 2005 der Fußboden erneuert wurde, konnten durch die Initiative des Vereins „Wir für Prenzlau“ drei Glocken angeschafft werden, die seit 2009 wieder im Gleichklang erklingen.

In der Saison können Kirche und Türme besichtigt werden. Die Kirche wird für besondere Gottesdienste und Konzerte genutzt. Empfehlenswert sind die Rush-Hour-Concerte in den Sommermonaten und das Candle-Light-Concert im Dezember.

Im Innenraum der Kirche befinden sich Tafeln mit geschichtlichen Informationen.